Помучал немного конфиги MAME v0.100, попробовал использовать их в Mjolnir - управление изменить удалось.
Единственное, чем могу помочь - дать файл default.cfg с расписанными кнопками. Естественно, что в нём можно настроить только общее для всех игр управление, а не для каждой игры в отдельности, но уже что-то. Если возникнут вопросы относительно того, какое название у той или иной клавиши, то стоит взглянуть на
гайд EasyEmu. В нём хоть и идёт в основном речь о джойстиках, но информация и по клавиатуре есть.
Будем надеяться, что Phil Stroffolino (автор Mjolnir) исправит досадный баг с неработающим меню и не придётся заниматься подобными глупостями в будущем.